如果使用Novice或Express安装方式，将引导安装者进行这个Configure菜单中的各项必需的配置任务，如果使用Custom方式进行安装，就需要手工执行这个选项中的各个功能。在FreeBSD正常运行之后，也能使用这个选项来维护系统、更改系统配置。
假如安装过程中更改了安装选项（Options），但想恢复缺省状态，或者打算使用某个定制的安装选项，就可以使用主菜单中的 “Load Config” 选项，从软盘中载入安装选项。对于大量安装同样配置的FreeBSD系统有一定的帮助。
主菜单的最后一个选项为 “Index” ，选择这个菜单项将弹出一个子菜单，子菜单中按照字母顺序列出了Sysinstall中的所有的功能。这个菜单项在系统安装时并没有实际的用处，但在系统安装之后使用sysinstall管理和维护系统时就非常有用。系统管理员不必一级一级寻找某个功能在Sysinstall 多级菜单中的位置，而能依据其名字迅速找到所需要的功能。
安装过程
无论安装者使用何种安装方式，所需进行的安装步骤是相同的，对于新手来讲，还是应该选择Novice安装方式，以免遗漏需要执行的安装步骤。需要注意的是Novice方式中执行过程不能向后回溯，因而没有更正失误的机会。必须保证每个步骤都执行正确，否则就需要重新执行整个步骤。选择好安装方式之后，Sysinstall将引导安装者一步步进行每个步骤的安装任务。
分区
安装过程的第一步就是要指定将FreeBSD安装到何处，FreeBSD需要占用一个单独的基本分区。因此就需要进入Fdisk对硬盘进行分区处理，这个工具中可以完成维护硬盘分区的各项操作，包括指定活动分区，增加和删除分区等功能。
如果计算机中有多个硬盘存在，Sysinstall中的Fdisk程序将首先询问安装者要处理的哪个硬盘，使用空格键选中所有需要进行处理的硬盘，然后使用Enter确认，就能依次对各个硬盘进行分区操作。注意，如果要将系统安装到非启动硬盘上（例如wd1），那么也需要在系统的启动硬盘（wd0）上安装启动管理软件Boot Manager （或其他种类启动管理软件，只是那些软件需要独立的安装过程），否则无法启动非启动硬盘上的系统。
在Fdisk中显示的前两行为它报告的硬盘信息，包括硬盘的名字，以及柱面、磁头和扇区等硬盘参数。柱面、磁头和扇区参数对于在一个硬盘上划分多个分区的情况下非常重要，因为系统启动程序要依赖计算机的BIOS来找到FreeBSD 分区。因此必须保证Fdisk中的这些数据和BIOS中的数据一致，以使Fdisk划分出的分区被BIOS识别。缺省情况下，FreeBSD是直接从硬盘驱动器上探测这些硬盘参数的，因此当BIOS重新映射硬盘参数时，就有可能使FreeBSD探测的真实参数与BIOS的映射参数不一致。
在硬盘上已经有分区存在的情况下，Fdisk可以从已有分区中找到硬盘参数，将硬盘参数更改为与划分已有分区时使用的硬盘参数相一致，以避免它划分的分区与已有分区冲突。这就是要迫使FreeBSD使用BIOS的映射参数，就可以预先划分一个硬盘分区的原因。例如本例中非空硬盘wd1的硬盘数据为782柱面，128磁头，63扇区，实际是经过BIOS使用LBA方式映射过的数据，Fdisk从已有的DOS分区中检测到。
虽然重新映射硬盘参数，无论对于FreeBSD或BIOS，都不会影响数据的存储，但是使用硬盘的真实参数能避开不同计算机BIOS的不一致性。当硬盘仅用于FreeBSD系统而不需要划分分区时，就可以保持硬盘参数不作任何更改。因此只有对于空硬盘并希望在安装FreeBSD以后还要安装DOS分区的情况，才需要检查硬盘数据，当发现映射信息与BIOS不一致时，就需要使用G（Set BIOS Geometry）命令重新设置
即使安装了FreeBSD系统之后，当更改了BIOS中的硬盘映射方式的时候，同样也可能发生系统启动程序不能找到FreeBSD分区，载入FreeBSD系统的情况。
硬盘信息下面的第二部分是各个分区的列表，每个分区包括它的起始位置（Offset），大小（Size），结束位置（End），分区的名字，类型，描述，子类型和标志等信息。其中分区中的第一项虽然标记为unused，也不能为其他分区所占用，因为这是系统主引导区（MBR）占据的空间，虽然主引导区只有一个扇区，然而按照分区习惯，每个分区必须从一个柱面的起始扇区开始，因此就会在引导区之后留下一些未使用的扇区。但这些空余空间可以被FreeBSD的启动管理程序Boot Manager或其他类似的启动管理程序所使用。
分区工具的下部为可使用的命令提示。如果只打算安装启动管理程序Boot Manager而不打算对硬盘进行分区处理，可以直接使用Q键退出。如果要将整个硬盘都用作FreeBSD使用，可以使用A（Use Entire Disk ）就可以将整个硬盘留给FreeBSD。当要将FreeBSD和其他操作系统共享硬盘时，就要具体使用不同的命令来划分分区了。
命令C（Create Partition）在未使用的空间上创建分区（首先将光标移动到非使用的磁盘空间上），此后需要输入这个分区的大小，和UFS分区类型165，以划分出FreeBSD使用的UFS类型的分区。如果要创建其他系统使用的分区，需要输入其他类型号，如DOS使用的类型为6。在上面的例子中已经存在两个分区，一个基本 DOS分区和一个扩展分区（第一个部分为系统主引导区），最后剩余的未使用空间太小，已经不足以建立分区了，因此就需要先删除已有分区（D, Delete Slice），或改变原有分区类型（T, Change Type）的命令，直接将硬盘上已有的分区改变为UFS类型，分配给FreeBSD使用。
当存在多个的分区时，可以使用S（Set Bootable）设置哪个分区是启动分区，用来告诉标准主引导程序启动该分区内操作系统，对于使用多操作系统引导管理程序的时候，如FreeBSD带的Boot Manager，就不需要进行这个设置。一般如果在安装FreeBSD之前已经安装了DOS/Windows系统的情况下，启动分区是 DOS的基本分区。
在确信完成所有的分区操作，并没有任何错误之后，才能使用W（Write Changes）来将改变真正写入硬盘分区表，否则使用U（Undo All Changes），恢复到操作之前的状态。然后可以使用Q来退出分区工具。分区工具接下来将询问这个硬盘使用的启动引导方式，即如何启动这个硬盘上的FreeBSD或其他操作系统