需运行多个服务器的原因有很多，比如上面提到的可绕过最大文件描述符的限制，还有是进行版本测试和提供专用服务等。
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运行多个服务器比运行单个服务器复杂很多，需注意以下问题：
在安装不同版本的程序时，需分开目录存放程序和数据目录。如果同一版本的服务器软件，则程序目录可一样，但数据目录则要不同。可用--basedir=dir_name和--datadir=dir_name两个启动选项指时这两个目录。
要为不同的服务器指定不时的--port=port_name(TCP/IP监听端口)，--socket=file_name(套接字文件名)和--pid-file=file_name(进程ID文件)值。
如果激活了日志功能，就要为不同的服务器指定不同的日志文件名。
在Windows平台上，被安装为服务的多个MySQL服务器必须有不同的服务名。
多服务器环境下选项文件的配置方法：
使用--defaults-file选项指定每个选项文件，这样，每个服务器就不会去读/etc/my.cnf这些配置文件，而会使用你所指定的配置文件。
可把一些公共的选项放到/etc/my.cnf文件里，再用--defaults-extra-file选项指出特定服务器的特定选项文件。这样就不用在所有的配置文件时重复公共的选项。
用mysql_multi脚本启动服务器，它允许我们把所有的选项放到同一个选项文件里。每一个服务器对应该文件中的一个选项组。
下面介绍用mysql_multi脚本启动多服务器的方法。
为每个服务器编一个编号xxx，对应选项文件的[mysqldxxx]选项组。mysql_multi本身要用到的选项可放到[mysqld_multi]里。这样/etc/my.cnf选项配置文件看起来就象下面这样：
[mysqld001] basedir=/usr/local/mysql/001 datadir=/usr/local/mysql/001/data mysqld=/usr/local/mysql/001/bin/mysqld_safe socket=/usr/local/mysql/001/mysql.sock port=3306 local-infile=1 user=mysqladm log=log log-update=update-log innodb_data_file_path=ibdata1:10M [mysqld002] basedir=/usr/local/mysql/002 datadir=/usr/local/mysql/002/data mysqld=/usr/local/mysql/002/bin/mysqld_safe socket=/usr/local/mysql/002/mysql.sock port=3307 local-infile=1 user=mysqladm log=log log-update=update-log innodb_data_file_path=ibdata1:10M ...
配置好选项文件后，就可用以下命令启动服务器：
% mysqld_multi --no-log start 001,002 #启动001和002两个服务器，并把启动信息发送到控制台，也可用区间的形式给出服务器编号
用以下命令可查看服务器状态：
% mysqld_multi --no-log --user=root --password=password report 001
可用以下命令停止MySQL服务器：
% mysqld_multi --no-log --user=root --password=password stop 001
在windows平台下运行多个MySQL服务器的方式有两种，一种是运行同一个MySQL程序的两个实例，一种是运行多个windows服务，下面分别介绍：
第一种情况需设置两个选项文件，指定不同的数据目录，如：
c:\mysql\my.cnf1 [mysqld] basedir=c:/mysql datedir=c:/mysql/data1 port=3306 c:\mysql\my.cnf2 [mysqld] basedir=c:/mysql datadir=c:/mysql/data2 port=3307
在启动服务器时，用--defaults-file选项指出选项文件即可。如：
c:\> mysqld --defaults-file=c:\mysql\my.cnf1 c:\> mysqld --defaults-file=c:\mysql\my.cnf2
在MySQL 4.0.2版本开始，可以把MySQL安装为一个服务，并可指定一个服务名，如：
c:\> mysql-nt --install service_name 在MySQL 4.0.3开始，安装服务还支持--defaults-file=file_name选项
这样，我们就可把MySQL安装为一系列不同的服务，如果不指定service_name，则安装的服务名默认为MySql，如果指定service_name，则安装的服务名为指定的service_name，并对应选项文件中的[service_name]选项组。以默认服务名运行的服务器还支持一个名为MySql的命名管道，而明确给出服务名的服务器将只监听TCP/IP连接而不支持命名管道--除非还用socket选项明确指定一个套接字文件。
移除服务需先用mysqladmin shutdown命令停掉服务器，再执行以下命令：
c:\> mysql-nt --remove #移除默认的服务 c:\> mysql-nt --remove service_name #移除指定服务