当安装启动选项的时候，对于每个硬盘都有三个选择。第一种BootMgr是使用FreeBSD的Boot Manager 作为多操作系统启动管理程序，来选择启动不同磁盘及不同分区上的多个操作系统。系统将在启动时提示使用者使用功能键F1、F2等来启动对应分区的操作系统，Boot Manager将被安装到磁盘的主引导区及其后的自由空间内，对硬盘分区没有影响。可以在每个硬盘上都安装Boot Manager，这样就能从第一个磁盘上启动其他磁盘上的Boot Manager，然后再启动该非启动硬盘上的操作系统。安装Boot Manager，是在一台计算机上管理多个操作系统的很好选择，是将FreeBSD安装到非启动硬盘上的一种有效的启动方式。
第二种选择为Standard，即使用标准的主引导区启动系统，这种方法由主引导区引导程序将控制权交给位于启动分区开始位置上的操作系统引导程序，然后再载入操作系统。因此这要求启动分区必须设置正确，需要在前面的操作中要将FreeBSD分区设置为启动分区。选择此项就将主引导区恢复为标准主引导区，相当于DOS下的fdisk /mbr命令。
第三种None方式是不改变主引导区，也不安装任何系统引导程序。当使用其他种类的操作系统引导软件时，如 Linux LILO，避免更改主引导区而使得那些操作系统引导程序不能正常运行。因为此时主引导区被其他引导程序使用，不需要改变。而此时引导FreeBSD的任务就交给了其他引导软件。
因为安装程序要更改主引导区，因此需要在BIOS中将主板中用于防病毒的主引导区写保护功能关掉。
当要在一台计算机使用多个操作系统时，确定系统引导的方式是一个复杂的情况，因为这与要使用的其他操作系统有关，一般情况下都可以使用FreeBSD的Boot Manager对多操作系统进行管理。但也可以使用Linux LILO、Windows NT OS Loader、OS/2 Boot Manager来管理多操作系统。但是在多操作系统的条件下，每个操作系统中的一些操作都会重写主引导区，从而造成引导程序出现问题。尤其DOS/Windows 系统，每次重新安装都会不加任何提示重写主引导区，将引导程序恢复为标准引导程序
创建文件系统和交换空间
在硬盘分区之后，安装者将进入FreeBSD风格的文件系统管理工具Disklabel，用于管理文件系统和交换空间。这个工具将对UFS分区进行操作，将它们分割为不同的文件系统上或用作交换空间的部分。
Disklabel整个屏幕也划分为三部分，上部显示要进行处理硬盘及和UFS分区，本例中为wd1和wd1s1 ，中部为文件系统和交换空间的列表，下部为使用到的各个命令。对于大多数情况时，wd1s1中还没有文件系统和交换空间存在的条件下，可以让disklabel来决定各个文件系统和交换空间的大小，这仅需要使用A（Auto Defaults for all）命令即可。如果已经有划分好的部分存在，可先使用D命令删除。即使安装者打算自己确定各个部分的大小，使用A来看看Disklabel的缺省设置情况也能起到参考作用。
手工使用C（Create）命令分割磁盘时，首先决定是创建交换空间或文件系统。FreeBSD系统需要使用交换空间来提供比实际内存更大的虚拟内存空间，这样系统就能支持更多、更复杂的进程。交换空间的大小要根据具体需求而定，有些程序，如X11,GNU C++等，需要大量的内存，因此要配置较多的交换空间，一般交换空间不应小于系统的物理内存，用作服务器的系统需要更多的交换空间，但过多的交换空间又没有必要。可根据系统在最高负载下用户和同时运行进程的多少，在物理内存的1-2.5倍范围内调整交换分区的大小。
在多个磁盘的情况下，可在不同的磁盘中设置多个交换空间，以均衡磁盘的负载。然而对于IDE接口的硬盘，在同一根电缆上连接的主从硬盘上分布交换空间没有意义，因为同一个驱动器上的两个硬盘不能并发存取。交换空间也应该尽量设置在高速硬盘上，如Ultra SCSI接口的硬盘，以提高系统的性能。
对于用于文件系统的子分区，除了设定大小之外，还要设定它在文件系统中的安装位置，即将其安装到目录树的哪个位置上。虽然原则上仅使用一个安装到根目录的完整文件系统就能满足系统要求，但是由于文件系统中不同目录将用于不同目的，将其划分为不同部分，分别安装到目录树上，更有利于管理、维护，也增强了万一系统崩溃时，减低数据丢失的可能性。这是由于不同的子分区在物理上相互分隔，一个子分区写满或出现问题不影响其他文件系统上的内容。例如根目录所在的文件系统很少需要进行写操作，那么系统崩溃就不会影响这个文件系统中的系统数据，或者当某个进程产生了非常巨大的数据文件时，这个数据文件只能填满某个子分区，而不致于影响其他需要存取系统中其他分区的重要系统进程。因此，由于对于用作服务器的FreeBSD系统，应该使用多个文件系统以提升系统可靠性
通常应将文件系统划分为 “/” 文件系统， “/usr” 文件系统， “/var” 文件系统。 “/” 文件系统中只保留系统内核及其他非常重要的文件，当系统进入单用户模式也只安装这个文件系统，一般需要30-40M空间。
“/usr” 文件系统放置系统日常使用的文件，应该尽量大，甚至还会在这个目录之下再安装新的文件系统。 “ /var” 文件系统用于系统运行时的数据文件，根据不同系统的情形，所需要的大小也不一样，用户和提供的服务越多，越需要 “/var” 空间。
如果要自己手工调整缺省设置，就要求安装者处理进行分割分区空间的全部细节。使用Create命令来完成创建每个子分区的任务，首先需要设置划分的子分区的大小，可以直接输入扇区数（512字节为单位）或更容易理解的用MB为单位（在数字之后加上MB单位），此后设置该子分区是用作文件系统（UFS类型）还是交换空间（Swap类型），如果要该分区用做文件系统，则系统会接着问该文件系统的安装（Mount）位置。
在升级系统或其他情况下，硬盘或分区系统中已经有FreeBSD子分区存在，但这些子分区的安装位置信息已经丢失。此时可以使用M（Mount Pt），将现存子分区按照原来的安装状态，设置它的安装目录。此时可以使用T（Newfs Toggle），在对不对该子分区进行格式化（Newfs）的选项上进行转换，设置为不进行格式化就能保留上面的原有数据。
当分区完成以后，使用W（Write）确认设置，使用Q（Finish）退出disklabel系统，然后就可以向选定的分区上安装操作系统软件本身了。
选择安装组件
由于操作系统本身由不同的部分组成，不同的使用者可以根据自己的需要进行选择，因此，安装程序将显示出一个 Distributions 选择菜单，提示不同种类的使用者选择自己需要的系统组件。
对于一个完整的系统，所有的这些内容都十分有用。如果不是为了节约硬盘空间的原因，应该选择All全部安装。但全部安装就需要相当多的磁盘空间，一般情况下为了节约磁盘空间，可以选择不同的安装选项。但即使要安装一个精简的 FreeBSD系统，仍然建议安装内核源代码，这样才能按照机器的具体硬件来定制一个更高效的内核。因此至少应该选择 Kern-Developer选项，此外也可以选择多个部分，例如同时选择Kern-Developer和X-User ，或者使用定制方式（Custom），使组件的选择更为灵活
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