当选择了Custom之后，则Sysintall将显示出所有可选择安装组件的详细列表，供安装者选择需要的组件。
在Custom菜单下，可以逐项选择要安装的组件，为了方便起见，可以在上一级菜单中先选择好某类组件，然后再在这里略加修改。
注意，由于DES算法受美国法律的出口限制，需要进行审批，因此FreeBSD缺省使用的加密算法为MD5算法。DES算法只在某些特定的软件中是必须的，例如当使用NIS与其他使用DES算法的计算机共享口令文件时。
如果需要安装DES组件，可以选择DES组件，名义上这个组件不是直接从美国出口，而是来自欧洲或其他非北美地方的，从形式上避免这个问题。此后的安装过程中FreeBSD还会使用一个对话框警告安装者，可以简单确认即可。
FreeBSD还将询问是否安装Ports Collection的源码，Ports Collection 是用于帮助用户编译、安装、维护应用程序的一个非常有效的工具。它是FreeBSD系统的一部分，是FreeBSD的诸多开发者将应用软件移植到FreeBSD上的努力，比起预编译好的Packages，它更为灵活。因此最好安装Po rts Collection，以方便以后定制应用软件。
如果要想使用图形界面，就应该选用的XFree86相关的安装组件。由于XFree86也是由多个部分组成，也可以选择各个部分进行安装，以节约磁盘空间。
XFree86中包括基本组件Basic，不同的X Server组件，字体组件。一般情况下应该进入各个组件内部，在缺省设置的基础上修改选择的内容。Basic菜单下的设置一般不必改动，在Fonts菜单下可以选择增加中文字体。最重要的选择是Server菜单中的选项，应该选择适合自己显示设备的X Server
在X Server的选择菜单中，除了选择自己显示卡对应的X Server以外，还应该选择VGA16的X Server，这用于运行XFree86的设置程序XF86Setup。如果不能十分确定自己显示卡的类型，应该多选择几种X Server，等设置X Windows时再确定哪个X Server适合自己的显示设备。
当选择好Basic、Fonts和Servers中的选项之后，就可以使用Exit菜单退出这个菜单选项，进入真正的复制系统的安装过程。
在安装程序Sysinstall正式复制系统文件之前，安装程序将询问安装介质位于何处。
最常用的方式是使用CDROM进行安装，这时不需要额外的配置。进行网络安装（NFS或两种ftp方式），则要求首先配置网络界面、远程服务器的IP地址及安装文件所在的目录。从DOS分区下安装要输入安装文件所在的DOS目录名，从现存文件系统下安装可以允许从已经安装的目录下（可以是NFS、UFS、MSDOS或CD9660系统）进行安装，此时需要先使用Fixit盘启动应急界面，预先安装上相应的安装介质。软盘和磁带安装方式也不需额外的配置。
这个菜单内还有一个Options选项，可以启动Sysinstall主菜单中Options菜单，主要用于设置使用NFS和FTP时候的相关连接选项，以便安装能顺利进行。当完成安装介质的确认之后，就开始拷贝文件的安装过程了
由于系统中有多个虚拟控制台，在安装程序的拷贝过程中，可以使用Alt-F2切换到第二个虚拟控制台上观察 sysinstall程序的输出信息，使用Alt-F4切换到第四个虚拟控制台上，这里启动了一个shell，可以接受安装者的输入指令，这使安装者可以在必要的时候，干预安装过程或处理可能的问题（缺省情况下没有任何命令可供安装者执行，必须在安装系统之前使用Fixit光盘或软盘，才能提供可执行的命令）。正常情况下并不需要这些额外的工作，使用 Alt-F1回到sysinstall安装界面，等上约20分钟（具体时间将依赖具体机器的硬件和选择的安装组件），基本系统将安装完毕